抗原的基本性質具有異物性、大分子性和特異性。異物性是指進入機體組織內的抗原物質，必須與該機體組織細胞的成分不相同。抗原一般是指進入機體內的外來物質，如細菌、病毒、花粉等；抗原也可以是不同物種間的物質，如馬的血清進入兔子的體內，馬血清中的許多蛋白質就成為兔子的抗原物質；同種異體間的物質也可以成為抗原，如血型、移植免疫等；自體內的某些隔絕成分也可以成為抗原，如眼睛水晶體蛋白質、精細胞、甲狀腺球蛋白等，在正常情況下，是固定在機體的某一部位，與產生抗體的細胞相隔絕，因此不會引起自體產生抗體。但當受到外傷或感染，這些成分進入血液時，就像異物一樣也能引起自體產生抗體，這些對自體具有抗原性的物質稱為自身抗原，所產生的抗體稱為自身抗體。由于自身抗體與自身抗原發生反應，于是就引起自身免疫疾病，如過敏性眼炎、甲狀腺炎等。機體其它自身組織的蛋白可因電離輻射、燒傷、某些化學藥品和某些微生物等理化和生物因素的作用發生變性時，也可成為自身抗原，引起自身免疫疾病，如紅斑狼瘡病、白細胞減少病、慢性肝炎等。大分子性是指構成抗原的物質通常是相對分子質量大于0000的大分子物質，分子量越大，抗原性越強。絕大多數蛋白質都是很好的抗原。為什么抗原物質都是大分子物質呢？這是因為大分子物質能夠較長時間停留在機體內，有足夠的時間和免疫細胞（主要是巨噬細胞、T淋巴細胞和B淋巴細胞）接觸，引起免疫細胞作出反應。如果外來物質是小分子物質，將很快被機體排出體外，沒有機會與免疫細胞接觸，如大分子蛋白質經水解后成為小分子物質，就失了抗原性。特異性是指一種抗原只能與相應的抗體或效應T細胞發生特異性結合。抗原的特異性是由分子表面的特定化學基團所決定的，這些化學基團稱為抗原決定簇。抗原以抗原決定簇與相應淋巴細胞的抗原受體結合而激活淋巴細胞引起免疫應答。換言之，淋巴細胞表面的抗原識別受體通過識別抗原決定簇而區分“自身”與“異己”。抗原也是以抗原決定簇與相應抗體特異性結合而發生反應的。因此，抗原決定簇是免疫應答和免疫反應具有特異性的物質基礎。